Mở cửa vào ngày 01 tháng 8 năm 1844, Zoologischer Garten Berlin là sở thú đầu tiên ở Đức. Thủy cung mới mở cửa vào năm 1913. Các loài động vật đầu tiên được Friedrich Wilhelm IV của Phổ hiến từ bầy thú và chim của Tiergarten.

Trong thế chiến II, khu vực vườn thú đã bị phá hủy hoàn toàn và chỉ có 91 trong tổng số 3.715 loài động vật sống sót, trong đó có hai con sư tử, hai con linh cẩu, một con voi con bò châu Á, một con hà mã, mười con khỉ đầu chó Hamadryas, tinh tinh và một con cò đen. Chiến tranh kết thúc, vườn thú được tăng cường với tháp sở thú, một tháp phòng không khổng lồ là một trong các khu vực còn lại cuối cùng của kháng chiến của Đức Quốc xã chống lại Hồng quân, với nhiên liệu và vũ khí chống máy bay bảo vệ chống lại các lực lượng không quân đồng minh.

Sau trận chiến Berlin năm 1945, một số động vật biến mất hoặc bị lính Hồng quân ăn thịt.

Sau khi bị phá hủy, sở thú và bể cánh cảnh được xây dựng lại trên các nguyên tắc hiện đại nhất để trưng bày các loài động vật càng gần với môi trường tự nhiên của chúng càng tốt. Sự thành công đạt được ở động vật nuôi sinh sản, bao gồm cả một số loài quý hiếm, thể hiện hiệu quả của những phương pháp mới.